表示用クオンタイズ値や他の譜表設定を可能な限り調節しましたが、やはり間違った値の音符が表示されます。

3つの機能のどれかを使用する必要があります。表示用クオンタイズイベントを挿入するか、多声部化機能を使用するか、「スコア上の音符情報をMIDIに適用 (Scores Notes To MIDI)」を適用するか、です。