不要な休符が作成されてしまいます。

特に多声部化機能を使用した場合には余計な休符が作成されるかもしれません。1つ、または複数の声部の休符をオフに設定してみてください。あるいは「スコア設定 (Score Settings)」ダイアログの「譜表 (Staff)」ページ (「ポリフォニック (Polyphonic)」タブ) での休符設定はオンのままにして、必要のない休符を1つずつ隠すこともできます。