音符を入力したのですが、異なる値を持つ音符として表示されます。

「表示用クオンタイズ (Display Quantize)」の「休符 (Rest)」の値をより小さな音価に設定してみてください。特に、3 連符を使用していない場合、あるいは 3 連符しか使用していない場合には、「オートクオンタイズ (Auto Quantize)」をオフにしてみてください。