Несмотря на все мои попытки, ноты не залигованы так, как я хочу.

Способ, которым ставятся лиги в Nuendo, основывается на базовых правилах нотации. Возможно, вам понадобится сделать исключение из этих правил, используя инструмент Разделить ноты.