У ноты есть знак альтерации, когда его не должно быть, или он отсутствует, когда должен быть.

Может, у ноты просто неправильная высота тона? Щёлкните по ней (используя инструмент Выделение объекта) и посмотрите на информационную строку. Переместите её на правильную высоту тона. Если причина не в этом, может, вы выбрали неправильную тональность? И, наконец, вы можете использовать энгармонический сдвиг.