При использовании полифонического голосоведения ряд пауз рисуется друг над другом.

Как указывалось выше, вам следует попробовать скрыть паузы в диалоговом окне Настройки партитур на странице Нотоносцы (вкладка Полифония), отцентровать паузы и, возможно, вручную передвинуть или скрыть их.